El clima en Japón varía de tropical en el sur a frío moderado en el norte. Los inviernos son fríos y soleados en el sur del país y también en Tokio (donde ocasionalmente nieva). La zona de Hokkaido tiene un clima casi polar con inviernos muy fríos y con fuertes nevadas. En Okinawa y Kyushu apenas se siente el invierno.
El verano, por su parte, puede ser suave o muy caluroso, dependiendo del año y de la región. En la zona del Pacífico, los veranos suelen ser calurosos y húmedos con fuertes vientos tropicales del sureste y el Pacífico. La temperatura media en julio es de 28°C en el sur y centro, y de sólo 23°C en el norte (Hokkaido).
Durante la primavera (abril y mayo), los campos y las zonas verdes resplandecen. Es el mejor momento para viajar a Japón, ya que es en esta periodo cuando se puede ver la floración del cerezo, que se encuentra en casi todas las calles, parques y jardines de Japón.
En junio hay fuertes lluvias en todo Japón y a principios de agosto hasta principios de septiembre, se da un periodo de tifones, en la cual pasan por Japón 5 ó 6 de ellos y llegan a producir daños significativos. La precipitación anual es de 100 a 200 centímetros, pero entre el 70 y el 80 por ciento de éstas están concentradas en junio y septiembre.
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